Mã Lai nằm dọc theo vĩ tuyến thứ nhất ở phía bắc đến bắc vĩ độ thứ 7, gần bằng với Roraima (Brazil), Cộng hòa Dân chủ Congo và Kenya. Theo hệ thống phân loại khí hậu Köppen (Kha bổn), Mã Lai có khí hậu nhiệt đới mưa nhiệt đới do gần với đường xích đạo. Đất nước nóng và ẩm quanh năm, với nhiệt độ trung bình là 27 °C (80,6 °F) và hầu như không thay đổi ở nhiệt độ hàng năm.[11]

Đất nước trải qua hai mùa gió mùa, gió mùa Đông Bắc và gió mùa Tây Nam. Gió mùa Đông Bắc mang lại lượng mưa lớn đến bờ biển phía đông bán đảo Malaysia và phía tây Sarawak, trong khi gió mùa Tây Nam thể hiện các điều kiện khô trong cả nước ngoại trừ Sabah. Trong gió mùa Tây Nam, hầu hết các bang đều có lượng mưa tối thiểu do điều kiện khí quyển ổn định trong khu vực và dãy núi Sumatra, mang lại hiệu ứng bóng mưa. Sabah có nhiều mưa hơn do tác động của cơn bão ở Phi Luật Tân (Philippines).[12]

Các hòn đảo nhiệt đô thị hiệu quả là do hoạt động kinh tế quá độ của con người và nói chung trong các thành phố của Mã Lai.